「サポーターコマンド」は「スーパーロボット大戦T」の新システムであり、原作でロボットに乗らず、戦闘に参加しないキャラクター（サポーター）が戦闘マップ中で味方部隊に様々な効果をもたらします。
各ユニットの個別コマンドに「サポーター」という項目が表示され、選択できるようになっています。どのユニットからも「サポーターコマンド」は使用可能で、使用しても行動終了にはなりません（行動終了後も使用できます）。
「サポーター」を選択した後、表示されるリストです。これは味方部隊で共有しています。ここから使用したい「サポーターコマンド」を選択します。「サポーターコマンド」を使用すると「S-SP（サポーターSP）」というポイントを消費します。これは味方部隊で共有しています。
「Ｓ‐ＳＰ」はマップ開始時、最大値の半分でスタートし、自軍フェイズ開始時に5上昇します。なお、同名のコマンドは1ターンに1度しか使用できません。また、「サポーターコマンド」はシナリオの進行と共に登録されていきます。
「ハッキング」は、エド（カウボーイビバップのキャラ）の「サポーターコマンド」で、1ターンの間、全味方ユニットの照準値を+20します。
「海よりも深く」は、レイン（機動武闘伝Gガンダムのキャラ）の「サポーターコマンド」で、使用したパイロットのSP（精神コマンドの使用に必要なポイント）を40回復します。
「ぷーぷぷー」はモコナ（魔法騎士レイアースのキャラ）の「サポーターコマンド」で、使用したパイロットのExC（エクストラカウント＝ユニットが様々な効果を得るエクストラアクションの使用に必要なパラメータ）が1つ上昇します。
「資金回収」はゴウト、ココナ、バニラの「サポーターコマンド」で、1ターンの間、全ての敵ユニットの撃墜時獲得資金を1.2倍にします。
