インターミッションのメニュー「サイドプラン」の中にある「サブオーダー」では、パイロットにオーダーを実行させることにより、戦闘マップをプレイすることなく簡単に経験値や資金、撃墜数、ＴａｃＰを獲得できるシステムです。
前作では直前の戦闘マップに出撃したパイロットは「サブオーダー」に参加不可能でしたが、今作からはその制限がなくなっています（つまり、どのパイロットも「サブオーダー」に参加できます）。なお、１オーダーにつき最大８名まで参加可能です。
参加人数×２０のＴａｃＰを得ます。
参加した各パイロットが撃墜数２を得ます。
参加した各パイロットが経験値５００を得ます。
参加人数×５０００の資金を入手します。
今作ではプレイ中に特定の条件を満たすと、より大きな効果を得られる「Ｓｐｅｃｉａｌ Ｏｒｄｅｒ（スペシャルオーダー）」が出現する場合があります。これにはパイロット１名のみ参加可能です。
