ゲームモードに「スーパーエキスパートモード」が追加されます。 「スーパーエキスパートモード」 は「エキスパートモード」をクリアしたプレイヤー向けの高難度のゲームモードです。 難易度はハードに固定され、リトライすることなくシナリオをクリアするとＳＲポイントを獲得でき、敵機体の改造度や敵パイロットの撃墜数などは「エキスパートモード」よりも高くなっています。 そのため、序盤からエースボーナスやカスタムボーナスを獲得している敵も出現します。
ゲームモードは、タイトル画面から「ゲーム本編」を選択、または周回プレイの開始時に設定できます。
パイロットの撃墜数が60機を超えると「エース」、80機を超えると「グレートエース」になり追加効果を獲得することができますが、アップデートデータVer.1.03適応後はパイロットの撃墜数が300機を超えると「スーパーエース」になり、パイロットが共通で獲得できるエースボーナスの効果が引き上げられます。
「闘争心」や「Ｅセーブ」などレベル数が設定されている特殊スキルの最大レベルを修得しているパイロットに対して、インターミッションの「スキルラーニング」で同名のスキルプログラムを使用すると「ＥＸスキル」に成長します。
また、「ダッシュ」や「アタッカー」など、レベル数がない特殊スキルは、修得している状態がレベル１（最大レベル）として扱われ、同名のスキルプログラムを使用すると「ＥＸスキル」に成長します。
| アタッカーEX | 気力130以上で与ダメージが上昇する。 レベルが高いほど効果も高くなる。 Ｌ1：1.2倍 ＥＸ：1.3倍 |
|---|---|
| EセーブEX | 武器の消費ＥＮが軽減する。 レベルが高いほど効果も高くなる。 Ｌ１：消費ＥＮ９０％ Ｌ２：消費ＥＮ８０％ ＥＸ：消費ＥＮ７０％ |
| ダッシュEX | ユニットの移動力が上昇する。 レベルが高いほど効果も高くなる。 Ｌ１：＋１ ＥＸ：＋２ |
| BセーブEX | 武器の弾数が増加する。 レベルが高いほど効果も高くなる。 Ｌ１：弾数1.2倍 Ｌ２：弾数1.5倍 ＥＸ：弾数2倍 |
| SP回復EX | 自軍フェイズ開始時、SPが回復する。 レベルが高いほど効果も高くなる。 Ｌ１：＋１０ ＥＸ：＋２０ |
| 見切りEX | 気力１３０以上で最終命中率・最終回避率が上昇 （下記数値）し、命中率３０％以下の攻撃命中時、 最終ダメージが５０％になる。 Ｌ１：＋５％ Ｌ２：＋１０％ Ｌ３：＋１５％ ＥＸ：＋２５％ |
| ExCボーナスEX | 出撃時、エクストラカウントが上昇する。 レベルが高いほど効果も高くなる。 Ｌ１：＋２ ＥＸ：＋３ |
| ガードEX | 気力１３０以上で相手からの攻撃で受けるダメージを 軽減する。 Ｌ１：0.9倍 Ｌ２：0.85倍 Ｌ３：0.8倍 ＥＸ：0.7倍 |
| 闘争心EX | 出撃時の気力が上昇する。 レベルが高いほど効果も高くなる。 Ｌ１：気力＋２ Ｌ２：気力＋５ Ｌ３：気力＋１０ ＥＸ：気力＋２０ |
| ラッキースターEX | 出撃時に精神コマンド「幸運」がかかる。 更に、Ｌ２から気力１３０以上で自軍フェイズ開始時 に「幸運」がかかり、ＥＸから敵撃墜時に資金3000を 追加で獲得。 |
| 気力限界突破EX | 気力上昇の上限値が増加する。 レベルが高いほど効果も高くなる。 Ｌ１：気力＋５ Ｌ２：気力＋１０ Ｌ３：気力＋２０ ＥＸ：気力＋３０ |
